Інкерман — знамените передмістя Севастополя. Тут видобувають інкерманський камінь — щільний білий вапняк, який використовують для облицювання будівель. Добували цей камінь з незапам’ятних часів, тому в скелях утворилося безліч катакомб і печер.
Саме тут, у Монастирській і Загайтанській скелях виник печерний монастир. Церковний переказ пов’язує заснування монастиря з ім’ям священномученика Климента — Римського єпископа з 92 по 101 рік. У Кесарії Климент прийняв хрещення від апостола Петра, після чого продовжив подорож із ним, розділивши всі труди й небезпеки. За проповідницьку діяльність і праведне життя Климента висвятив апостол Петро на єпископа міста Риму. Багатьох ідолопоклонників-римлян він навернув у християнство, чим накликав на себе гнів римського імператора Траяна (94 — 117 рр. правління). У 94 р. за Р.Х. імператор Траян заслав папу Климента на каторжні роботи до північної провінції Римської імперії — на півострів Таврійський, до міста Херсонес, або Корсунь, неподалік від якого, в Інкерманській долині, були кам’яноломні.
Працями святого Климента і його учнів у Криму було влаштовано до 75 храмів. Печерна церква в ім’я св. ап. Андрія Первозванного, за переказами, була вирубана самим святим Климентом. Правителям Херсонеса не подобалася діяльність сщмч. Климента, тому його вирішили стратити. На шию святому прив’язали важкий якір і кинули його на дно моря в Козачій бухті. Це сталося 101 року. Через рік море відступило, і в підводному гроті люди побачили останки праведника. Щороку в день смерті святителя приходили християни до місця страти і по оголеному дну йшли поклонятися святим мощам. Згодом їх було перенесено на невеличкий острів (нині — Козачий острів) посеред бухти, на якому, згідно з легендою, руками янголів було побудовано церкву.
А в колишніх каменоломнях виник монастир. Коли в цій частині Криму зміцнів вплив феодального князівства Феодоро, наприкінці бухти Північної, в гирлі річки Чорної було засновано морський порт Авліта, а для його захисту мангупський князь Олексій наново відбудував стародавнє укріплення, перетворивши його на фортецю Каламіту. Ось тут, під захистом грізної фортеці, приблизно у VIII-IX століттях і виник печерний монастир.
Печери служили першим ченцям і житлом, і підсобними приміщеннями. Храми також влаштовували в печерах, з каменю вирубували вівтар, престол, лави. Усі приміщення з’єднувалися вирубаними в скелі сходами. Перебуваючи поруч із великим торговим портом, монастир жив безбідно.
1475 року Крим захопили турки. Вони перебудували фортецю і назвали її Інкерманом, що означає «печерна фортеця». Очевидно, християнський монастир не міг існувати поруч із мусульманською фортецею і поступово занепав. Деякі вчені вважають, що ченці пішли на мис Фіолент і заснували там Георгіївський монастир. Відродження стародавньої обителі почалося після приєднання Криму до Росії. 1787 року монастир відвідали імператриця Катерина II і іноземні найясніші особи, які її супроводжували.
Інкерманський монастир був відновлений і освячений в ім’я священномученика Климента. Почалася реконструкція трьох печерних храмів. Храми очистили від сміття і каміння, оновили розписи. 15 жовтня 1852 року було освячено церкву в ім’я священномученика Климента. Храм мав форму базиліки, колись два ряди колон ділили простір церкви на три нефи. До наших днів збереглася тільки частина колон. До церкви веде довгий коридор, у якому вирубано кам’яні лавки — вочевидь, тут прочани очікували на початок служби. В апсиді зберігся двоступеневий синтрон, у центрі якого залишки гірського місця. Над ним у стіні вирубано нішу для запрестольного образу. Тут же вирізаний великий проквітчаний хрест, кінці його розширені й до них примикають маленькі хрести в колі.
З правого боку храму знаходився древній боковий вівтар на честь апостола Андрія Первозванного — невеликий, з низькою стелею. Вівтар відокремлювався від решти частини суцільною скельною перегородкою з Царськими вратами посередині. 1867 року було відкрито ще одну печерну церкву, присвячену римському єпископу святому Мартиніану. У храмі прямокутної форми, перекритому напівкруглим куполом, розширили апсиду.
Через два роки після відкриття монастиря почалася кримська війна. Серйозно постраждав і монастир. Ворожі ядра і кулі не зруйнували печерні храми, залишилися лише сліди від них на стінах, але англійці розграбували все майно Інкерманського монастиря.
У 60-х роках XIX ст. було відреставровано стародавні храми, побудовано будинок настоятеля з домовою церквою (освячена 13 серпня 1867 р. в ім’я святої Трійці), відреставровано джерело святого Климента.
У 1875 році закінчили будівництво залізниці, що з’єднала Севастополь зі станцією Лозова. Вона пройшла поруч із Монастирською скелею. Шум поїздів, що проходять, порушив вікову тишу монастиря, проте збільшилася кількість паломників. Щоб зручно розташувати їх, у монастирі 1896 року побудували готель, у якому могло розміститися 24 людини.
1895 року, в пам’ять про порятунок царської сім’ї в залізничній катастрофі біля ст. Борки 17 жовтня 1888 року, побудований і освячений храм в ім’я великомученика і цілителя Пантелеймона. Архітектурною особливістю цього храму було те, що вівтарну частину вирубали в скелі, інша частина храму була наземна.
1905 року в монастирі з’явилося одразу кілька храмів. Під час реконструкції того ж року скельні стіни побілили, але через побілку можна було розгледіти 8 постатей святителів у хрещатому одязі з німбами над головами. Над престолом знаходилося зображення Христа в чаші. По низу зображення зберігся напис — моління раба божого Зотика з дружиною і дітьми. Цей напис датовано 1272 роком.
Уже на початку XX століття в храмі здійснювали поховання, збереглися три гробниці, вирубані в підлозі невеликої печери поруч із храмом.
1905 року в пам’ять про Кримську війну на верхньому плато було збудовано церкву в ім’я святителя Миколи Мирлікійського (за проектом архітектора Г. П. Долина). Церква, хрестоподібна в плані, мала два бокові вівтарі.
27 вересня, у присутності великого князя Олексія Михайловича і ветеранів кримської війни, було освячено печерну церкву на честь ікони «Всіх скорботних радість». Храм влаштували на місці стародавньої Софійської церкви, вирубаної в урвищі Кам’янолом’яної балки.
До 1910 року архітектурний вигляд Інкерманського монастиря склався остаточно. Було побудовано дві житлові будівлі для братії, в одному з них влаштували домову церкву на честь Благовіщення Пресвятої Богородиці. При обителі відкрили церковно-парафіяльну школу, в якій навчалися 37 хлопчиків. 1917 року в кіновії жили 25 ченців і 122 послушники, загалом 147 осіб.
У роки громадянської війни монастир підтримав білу армію барона Врангеля. Після встановлення в Криму радянської влади всі землі обителі було націоналізовано і передано в розпорядження трудової артілі, до якої ввійшли і ченці. У 1926 році на засіданні Президії Севастопольського райвиконкому було ухвалено рішення про закриття Георгіївського та Інкерманського монастирів.
У 1927 році землетрус сильно пошкодив Благовіщенську і Миколаївські церкви, було ухвалено рішення їх розібрати (закриту в 1926 році церкву святого Миколи на верхньому плато повністю знищили в 1932 році). Каплицю, побудовану на могилі воїнів, розібрали 1927 року. У 1928 році закрили храм ікони «Всіх скорботних Радість». Джерело, відкрите чудесним чином святим Климентом, пересохло в 1930-х (можливо — у зв’язку з проведеними будівельними роботами), а його вода, за однією з версій, поступово затопила кар’єр з видобутку інкерманського каменю, розташований по інший бік Монастирської скелі.
У 1991 р. працями архімандрита Августина, за єпископа Сімферопольського і Кримського Василя, Інкерманський монастир було відновлено. Почали проводити реставраційні роботи, було відновлено храми і келійні корпуси.
У печерному храмі в ім’я сщмч. Климента зберігається частка мощей від його чесної глави, передана монастирю з благословення Блаженнішого Володимира, митрополита Київського і всієї України. Рака зі святими мощами встановлена в бічному нефі Свято-Климентівського храму.