Середньовічний храм Іверської ікони Божої Матері своєю архітектурою нагадує вірменські церкви XIII-XIV століть: квадратна будівля увінчана куполом на восьмигранному барабані з вузькими вікнами. Точний час його спорудження невідомий, заведено вважати, що його збудовано в XIV столітті, але найімовірніше — набагато раніше. Спочатку храм було освячено на честь Іоанна Предтечі. Пізніше церкву перебудовували: з боку головного входу прибудували досить містке приміщення — завдяки цьому храм міг приймати більшу кількість парафіян.
Храм був розписаний напрочуд гарними фресками, фрагменти яких збереглися до наших днів. 1927 року середньовічні храми оглядала реставраційна комісія, до складу якої входив російський художник і мистецтвознавець І.Е. Грабар.
Він припустив, що деякі фрески храму належать пензлю знаменитого візантійського живописця Феофана Грека (1340-1405), видатного майстра фрески, іконопису, мініатюри. У 70-ті роки XIV століття він працював у Росії. Збереглися виконані ним ікони в Благовіщенському соборі в Москві та фрески церкви Спаса-на-Ільїні в Новгороді.
У 1475 році Крим опанували турки. Феодосія перейменована на Кефе стає релігійним центром представників різних конфесій. Але очевидно з плином часу церква Іоанна Предтечі прийшла в запустіння, змінилася і її назва, тепер вона стала карантинною. 1887 року єпископ Таврійський і Сімферопольський Гермоген писав: «Карантинна церква, з дикого каменю, на честь ікони Іверської Божої Матері — у південно-східній частині Феодосії, у Карантинній слобідці, населеній здебільшого відставними нижніми військовими чинами і робітниками. Час побудови церкви не відомий, але, безсумнівно, вона існує з часу панування генуезців у Феодосії.
Священик Карантинної варти Микола Трегубов за допомогою благодійників відновив її 1858 року і освятив 31 серпня. У 1875 році Рукавишников пофарбував її і пожертвував три ікони в кіотах за склом». Храм було освячено на пам’ять Іверської ікони Божої Матері.
У цьому храмі 1906 року вінчалися Костянтин Федорович Богаєвський і Жозефіна Дуранте. К.Ф. Богаєвський (1872-1943), відомий російський художник-«кіммерієць», народився у Феодосії та жив у Карантині, тут же знаходилася його майстерня. Храм ікони Іверської Божої Матері був його улюбленим.
У грізні революційні роки поруч із храмом було розстріляно близько 7000 білих солдатів і офіцерів.
У 30-ті роки XX століття храм був закритий і фактично занедбаний. Незважаючи на те, що за радянських часів на Карантині створили історико-архітектурний заповідник, який охоронявся законом, храм почав руйнуватися і ледь не загинув. Через суперечки між проектним інститутом та органами архітектури реставраційні роботи не велися сім років. Тим часом вода через дірки в даху, що продірявився, залила стіни і пошкодила стародавні фрески, підлога була вкрита купою сміття і мокрого ґрунту. Слава Богу, що знайшлися небайдужі люди — архітектори, мистецтвознавці, музейні працівники, які змогли переконати владу в необхідності терміново врятувати храм. Реставраційні роботи консультував архітектор і скульптор Валерій Замеховський. Було проведено дренажні роботи, рівень землі знизили на 60-70 сантиметрів, церковний двір вимостили каменем. Допомагали і майбутні парафіяни храму, вони виносили з храму сміття, прикрашали двір квітниками. Реставрація храму закінчилася 1996 року, і його повернули вірянам.