У 1902 році виникло питання про проект будівлі церкви. Того року організувався будівельний комітет, головою якого став настоятель церкви священик В.Попов. Багато питань належало вирішити комітету — вибрати досвідченого зодчого — автора проекту, знайти благонадійного підрядника, здатного грамотно повести будівництво, придбати будівельні матеріали, знайти джерело фінансування.
Вибір зодчого припав на відомого з будівництва церков, досвідченого архітектора Х. К. Васильєва — за його проектами побудовано низку церков в Алупці, Перекопі, Гурзуфі, Янчокраку. Сумлінний і досвідчений інженер-будівельник, який добре зарекомендував себе в губернському центрі, Я.А. Риков взявся за підрядну роботу зі спорудження храму св. Іллі. Я.А. Риков будував дворянський театр у м. Сімферополі, будівлю Офіцерського зібрання, приватні будинки та інші великі споруди. За контрактом з Єпархіальним відомством Риков мав закінчити будівлю церкви до серпня 1903 року.
Споруда нової великої будівлі вимагала значної території, де б візуальне розкриття храму як архітектурного об’єму вийшло б повним. Базарна площа в центральній частині міста багато в чому підходила для розміщення храму — район цей у Саках був найпопулярнішим і найжвавішим. Давно і міцно склався цей центр торгово-ділової активності. Через традиції, що склалися, цей торг тяжів до перехрестя доріг і розвивався в найбільш багатолюдному місці. Тут щотижня збиралося багато приїжджих із довколишніх сіл Сакської волості — парафіян старої Свято-Іллінської церкви (1861 р.), оскільки найближчі храми розташовувалися на відстані 19 верст. Тому не випадкове, а продиктоване доцільністю рішення розмістити церкву саме тут, у центрі багатолюдної площі.
Вибір місця для спорудження нової церкви зумовлений збудованою 1894 року дзвіницею, до якої потрібно було прив’язати «об’єм» церкви. Перед архітектором стояло доволі складне завдання — спроєктувати церкву, добре продумавши пропорції всього об’єму, об’єднати дзвіницю і церкву ідентичним малюнком.
Храм був задуманий зодчим як значна за розмірами будівля — довжиною 16 сажнів (близько 34 метрів), шириною 11 сажнів (близько 24 метрів). Конструктивна схема церкви — хрестово-купольна. Центральний простір утворено циліндричним склепінням, що спочиває на 4 пілонах. Пілони підкупольної частини мають прямокутну форму. В основу архітектурного образу церкви лягли мотиви російсько-візантійського зодчества. Уже проектні матеріали давали уявлення про майбутню будівлю церкви як про одну з найкращих у селі. У комплексі інших будівель будівля церкви була основною — її круговий об’єм 43 сажні (близько 92 метрів).
2 жовтня 1903 року на центральній базарній площі за численного скупчення народу в урочистій обстановці церкву св. Іллі було освячено.
27 листопада 1929 року на підставі Секретної Постанови Президії Євпаторійського райвиконкому вирішено «санкціонувати закриття церкви з використанням будівлі в культурних цілях».
1 січня 1930 року питання про закриття церкви було вирішено і вирішено було переобладнати церкву під клуб Хімсольттрест.
У квітні 1930 р. Місцева сільська рада та адміністрація клубу приступили до зняття куполів, іконостасу та вилучення церковного начиння. Використання храму під клуб згубно позначилося на його стані, він зазнав радикальної перебудови, що спричинило значну втрату архітектурно-конструктивних і декоративних елементів інтер’єру.
Відкриття церкви Святого Іллі відбулося в роки Великої Вітчизняної Війни (1942 року) німцями на прохання віруючих жителів Сак.
Повна реставрація церкви почалася тільки 1990 року працями і турботами новопризначеного архієпископом Леонтієм настоятеля протоієрея Валерія (Івановича) Цуркана.
Нині церква пророка Іллі повністю набула первісного вигляду.
Церква в Саках представляє безсумнівно архітектурно-мистецький інтерес як зразок гарного архітектурного рівня, будівельного та декоративного мистецтва.