Собор Св. Іоанна Златоуста — це перший храм міста Ялти. Після приєднання Криму до Росії в 1783 році Ялта була маленьким рибальським селом. За відомостями 1800 року в ній налічували 13 дерев’яних будиночків і військовий гарнізон, споруджений ще А. В. Суворовим у 1771 році.
У 1823 році генерал-губернатор Новоросійського краю, до якого належала і Таврида, граф М.С.Воронцов почав створювати в цих місцях багатий курортний край, своєрідну російську Рив’єру. У Ялті граф роздав 200 десятин землі, зобов’язавши її власників займатися садівництвом, землеробством і будівництвом. Для того, щоб будівництво йшло успішніше і швидше, з ініціативи графа Воронцова почали прокладати шосе, що з’єднало Південний берег із Сімферополем, а потім із Севастополем.
Особливу увагу адміністрація Таврійської губернії приділяла будівництву нових храмів. У 1832 році в губернському правлінні були розроблені повітовими архітекторами проєкти церков із визначенням кошторисів на їхнє будівництво. Однак граф Воронцов не затвердив їх, вважаючи недостатніми. Як досвідчений підприємець він розумів, що для розвитку Південного берега Криму будуть потрібні чималі кошти, а залучити їх можна лише за особистої участі російського імператора Миколи II.
Тому незабаром граф Воронцов звернувся до знаменитого архітектора І.Торічеллі, який працював в Одесі, з пропозицією розробити проєкти нових церков. 1833 року складені архітектором плани, фасади і кошториси були направлені на розгляд Миколі II і удостоєні найвищого затвердження.
Дзвіниця церкви Іоанна Златоуста на Полікуровському пагорбі стала першою кам’яною будівлею Ялти. Урочисте освячення собору в ім’я святителя Іоанна Златоуста, архієпископа Константинопольського, відбулося 1837 року. Божественну літургію звершив архієпископ Херсонський і Таврійський Гавриїл. Під час освячення храму були присутні імператор Микола II та імператриця Олександра Федорівна. Наступного дня, 17 вересня 1837 року, відбувся височайший указ про присвоєння Ялті статусу міста.
Собор став справжньою окрасою молодої Ялти. Його побудували з місцевого каменю буту, стіни потинькували і пофарбували у світлі тони, вінчали собор чотири позолочені куполи.
До храму вели чотири двері, 21 вікно освітлювало його. Висота дзвіниці сягала 45 метрів над рівнем моря, її, мабуть, звідусіль було видно в місті, що будувалося.
З плином часу навколо храму виник міський цвинтар, де поховано чимало видатних особистостей. Серед них покояться перший архітектор південного берега — К.І.Ешліман, родоночальник вітчизняної кінематографії — А.А.Ханжонков, основоположник лікування кліматом, поет — С.В.Руданський та багато інших. Тепер тут створено меморіальний некрополь.
1883 року герой Кримської компанії барон Андрій Львович Врангель запропонував розширити церкву, прибудувавши преділ в ім’я свого небесного покровителя святого апостола Андрія Первозванного. Новий боковий вівтар був освячений у жовтні 1883 року єпископом Таврійським і сімферопольським Гермагеном. Церква на той час потребувала ремонту: почали руйнуватися куполи. У 1894 році за проектом міського архітектора М.П.Краснова (1864-1939) чотири колишніх цибулинних куполи розібрали і звели в один шатровий купол візантійського стилю. Під керівництвом Краснова було побудовано церковно-парафіяльну школу, розташовану на вулиці Толстого, будинок 10, і каплицю святителя Миколая Мирлікійського. Обидві будівлі стали належати Свято-Іоанна-Златоустівській парафіяльній громаді.
Настоятелями храму були протоієрей Григорій Брюховський, протоієрей Олександр Терновський, протоієрей Дмитро Михайлович Кіранов, зарахований до лику святих у 2000 році. Він став настоятелем собору 1928 року.
На початку Великої Вітчизняної війни храм згорів, обгорілі стіни розібрали після війни. Збереглася тільки дзвіниця, що стала «візитівкою» Ялти. Її використовували як навігаційний знак, вона занесена в усі лоції світу.
У 1994 році з благословення Владики Лазаря. Архієпископа Сімферопольського і Кримського розпочалися роботи з вишукування коштів, проєктування та будівництва храму. Велика частина роботи лягла на плечі настоятеля храму отця Владислава Шмідта. На добровільні пожертвування ялтинців і було відновлено храм за проектом А.Петрової, який вона виконала за збереженими кресленнями.
Віряни принесли в дар сімейні реліквії. Храм в ім’я святого Іоанна Златоуста було урочисто освячено 1998 року в день пам’яті святого. Божественну літургію очолив архієпископ Сімферопольський і Кримський Лазар. До святкового дзвону дзвонів долучився голос старовинного розколотого дзвону, знайденого парафіянами і принесеного до храму.