Свято-Миколаївський собор — єдиний збережений будинок Очакова турецьких часів. Колишня мечеть — єдина збережена будівля Очакова турецьких часів. Перетворена на православний храм 1794 року, після взяття міста російськими військами. Спочатку надбудували дерев’яний купол, а в 1804-07 рр. провели капітальну реконструкцію: прибудували кам’яний вівтар, бабинці та паперть, а кам’яний мінарет переробили на дзвіницю. З часів побудови і до початку XX століття Миколаївська церква в Очакові була основною армійською культовою спорудою. Вона називалася Свято-Миколаївським військово-морським собором. Такий статус вона отримала з легкої руки воєначальників, під командуванням яких 1788 року штурмом було взято Очаківську фортецю в турків. 
Декілька наступних десятиліть церкву передавали в підпорядкування з одного військового відомства в інше. Священнослужителі зі свого боку намагалися всіляко підкреслити приналежність церкви до військового відомства, дбайливо зберігаючи святині, отримані в дар одразу після взяття фортеці 1788 року.
Як і більшість дерев’яних споруд, будівля собору з часом занепала і замість неї звели кам’яну.
Після революції храм продовжував деякий час провадити свою діяльність, але нова влада поступово й наполегливо продовжувала його розоряти. Забирали святині, що належали храму і становили історичну цінність, нібито для допомоги голодуючим. 
А 1930 року рішенням президії Очаківського райвиконкому церкву взагалі закрили, дзвони зняли, а саму будівлю передали в розпорядження Миколаївського обласного краєзнавчого музею, що відкрив у ній свою філію, надавши їй 1966 року статус військово-історичного музею імені Суворова. У 1972 р. у ньому було створено художником М.І.Самсоновим діораму «Штурм фортеці Очаків«. Наприкінці XX століття музей переїхав, а споруду повернули в лоно української православної церкви. Але, на жаль нащадків, її культурну спадщину, що становить величезну історичну цінність, було безповоротно втрачено.