Особливо гарний собор в ім’я святителя Миколая Чудотворця, розташований у центрі міста. Євпаторійський собор — це мініатюрна копія Святої Софії в Константинополі. Але таким величним Миколаївський храмстав не відразу..
Перший храм був побудований греками наприкінці XVIII століття і освячений в ім’я святителя Миколая, покровителя мореплавців і торговців. З плином часу він став затісним для парафіян, тому 1806 року спорудили новий кам’яний, вкритий черепицею. Цей храм сильно постраждав у роки Кримської війни: було зруйновано дзвіницю, розбито дзвони, знищено іконостас, церковні книги та архів.
Завдяки особистій мужності священика Іоанна Манжеля і віротерпимості, виявленій з боку турецького командування, було врятовано церковне начиння, його разом з іконостасом вивезли до Одеси. Сам священик залишився в окупованому місті й підтримував своїх парафіян. У соборі проводили католицьке богослужіння.
Після війни стало зрозуміло, що храм треба перебудовувати, оскільки він занепав, та й православне населення Євпаторії збільшилося, і храм став малий. Вирішили новий собор звести в пам’ять про звільнення Євпаторії від англо-турецьких військ під час Кримської війни. Ініціатором будівництва нової церкви став протоієрей Яків Чепурін. Для будівництва 1891 року розпочали збір пожертв, а 1892 року указом імператора Олександра III з казни було виділено 36 тисяч рублів.
Урочисте закладення собору відбулося 11 липня 1893 року за участю Преосвященного Мартініана, єпископа Сімферопольського і Таврійського. А освячений новий храм був 16 лютого 1899 року Преосвященним Никоном, єпископом Вольським. Собор був побудований поруч зі старою церквою, в якій всі ці роки велися Богослужіння.
Собор у візантійському стилі спроектував міський архітектор Одеси і голова Одеського технічного товариства Олексій Йосипович Бернардацці. Підрядником став севастопольський купець Ананій Савелійович Пасхаліді, а спостерігав за будівельними роботами інженер В’ячеслав Геринек. Він став автором низки інженерних нововведень, використаних під час зведення собору. Одне з них — величезний купол із бетону, його діаметр 18 метрів, вага 156,6 тонн. У верхній частині барабана подвоїли кількість граней, у кожній з них зробили світлове вікно.
Собор вражав уяву парафіян яскравим оздобленням. Розписи куполів, склепінь і стін храму належать викладачам гімназії Віталію Васильовичу Соколовському та Сергію Строєву. Іконостас виконав флорентійський різьбяр Ваннукі. Купол вінчав бронзовий з позолотою хрест, створений художником Б. В. Едуардсом в Одесі. Миколаївський собор вміщував 2000 осіб.
У храмі освячено три престоли, центральний в ім’я святителя Миколая Мирлікійського Чудотворця. У престолі святого благовірного князя Олександра Невського зберігалися російські хоругви часів Кримської війни. У консі по обидва боки від святого Олександра Невського зображені свята рівноапостольна княгиня Ольга і святий рівноапостольний князь Володимир. Лівий престол освячений в ім’я апостола Якова Зеведеєва, зображеного тут же в консі. По обидва боки від нього — лики святого Якова, брата Господнього, і апостола Андрія Первозванного.
Багато сил і енергії віддав своєму улюбленому дітищу — Миколаївському собору — протоієрей Яків Чепурін. Щоб будівництво храму не припинялося, коли закінчувалися кошти, він вкладав власні заощадження, закладав майно своєї родини. Яків Чепурін несподівано помер 29 листопада 1898 року і за свої заслуги був похований у храмі біля північного боку апсиди.
16 травня 1916 року Свято-Миколаївський собор відвідав імператор Микола II з родиною. У храмі відслужили молебень і проголосили многоліття царському дому і всьому російському воїнству.
У роки радянської влади доля собору змінювалася не один раз. Він кілька разів закривався і відкривався знову, в різний час тут розміщувалися то художня майстерня, то склад для зберігання пшениці. Через це чудове оздоблення собору було втрачено. А сам він ледь уникнув загибелі під час Великої Вітчизняної війни: храм не встигли підірвати.
1999 року Свято-Миколаївський собор урочисто відзначив своє сторіччя. Над головним входом сосновими гілками виклали дати: 1899 — 1999. На згадку про цю подію біля входу встановили меморіальну дошку.