Євпаторійський краєзнавчий музей створено 1 лютого 1921 р. у колишньому особняку купця Ю. М. Гелеловича, який збудовано в 1912 р. в мавританському стилі, він є пам’яткою архітектури та містобудування. 30 липня 1921 р. музей відкрив свою експозицію для широкої публіки.
Формувалася колекція «Музею старовини» за рахунок предметів археології, нумізматики, порцеляни, старовинних книжок і творів мистецтва, реквізованих у будинках заможних жителів міста.
З 1933 р. визначився профіль музею — краєзнавчий, яким залишається і понині.
У 1988 р. відкрито діораму «Висадка Євпаторійського десанту 5 січня 1942 р.», створену заслуженим художником РРФСР студії військових художників ім. Грекова (м. Москва) В.Б. Таутієвим.
У 2000 р. на вул. Дувановській, навпроти музею, під скляним пірамідальним куполом створено археологічний комплекс «Північно-Західне передмістя античного міста Керкінітіди» (V — III ст. до н.е.).
Сьогодні музей має у своєму розпорядженні до 90 тисяч одиниць зберігання. Щорічно його відвідують близько 70 тисяч осіб, проводиться понад 2000 екскурсій.