У 1899 році грецька громада міста Євпаторії звернулася до Думи з проханням виділити землю під будівництво храму. У 1901 році ділянку землі в 600 квадратних сажнів безкоштовно передали громаді. До 1907 року підготували проект храму, його автором став міський архітектор А. Л. Генріх.
Будувати новий храм передбачалося на пожертви парафіян. Але кошти надходили повільно, і потрібна сума ніяк не збиралася. Тому 1908 року в Думу за дорученням громади звернувся Ф. І. Василькіоті, він просив про видачу субсидії в сумі 5000 рублів. Губернатор Євпаторії С. Е. Дуван дав згоду виплачувати субсидію частинами, щороку по 1000 рублів. Особисто від себе С. Е. Дуван пожертвував 400 рублів і бронзову люстру. За допомогу в будівництві храму він був нагороджений Його Величністю королем еллінів хрестом Святого Спасителя.
Будівництво церкви розпочалося 6 червня 1911 року, а 30 червня 1918 року новий храм освятили на честь пророка Іллі. Отже, через нестачу коштів влаштування храму затягнулося майже на 10 років, а закінчилося напередодні нової епохи, коли почалися гоніння на Церкву. Храм Св. Іллі збудований у греко-візантійському стилі, у плані у вигляді хреста. Купол спочиває на восьмигранному барабані, кожна грань якого закінчується фронтоном. Прикрашають храм тонкі пілястри, напівциркульні арки, потрійні вікна з вітражами. Зі східного боку розташована п’ятигранна апсида, головний вхід оформлений у вигляді арки, що спирається на дві напівколони.
Триярусну дзвіницю Іллінського храму розібрали в 60-х роках і відновили нещодавно.
Після революції церква залишалася діючою. Її парафіяни були грецькими підданими, тому влада не відразу застосувала силові прийоми. Спочатку вирішили, що дзвін — явище неприйнятне для соціалістичної дійсності, тож зняли дзвони на очах у вражених парафіян. Громада вирішила захищати свій храм, для цього відправила до Москви до грецького консула листа з проханням про допомогу. Відвіз лист голова церковної двадцятки Сава Федорович Кіріакіді. 
Це звернення розлютило владу Євпаторії, вона звинуватила грецьку громаду в наклепі. У 1936 році договір із грецькою громадою розірвали через те, що парафіяни не зуміли відремонтувати будівлю. Утім, у держави грошей теж не знайшлося, і храм закрили.
З кінця 50-х років у колишньому Свято-Іллінському храмі організували спортзал. Сьогодні дзвіниця і храм повністю відновлені.
Нещодавно в храмі сталося диво з храмовою іконою пророка Іллі. Невідомий художник зобразив пророка до пояса, в руці він тримає сувій, обличчя суворе, брови грізно зсунуті, сиве волосся і бороду розвиває вітер. Коли Іліїнський храм закрили, ікона зберігалася у Свято-Нікольському соборі. Після того як храм відреставрували, ікону з особливою любов’ю й урочистістю було перенесено до свого рідного храму.
У 1999 році на свято Святої Трійці паламар прийшов до храму дуже рано. Прикладаючись до ікони пророка Іллі, він побачив, як у променях ранкового сонця на склі, що прикривало ікону, чітко проступили контури, що повторюють зображення на іконі. Про побачене паламар повідомив настоятелю, і ікону було перенесено у вівтар. Під час святкової служби контури на склі стали чіткішими, а до кінця свята можна було побачити лик пророка Іллі.
За вказівкою Владики Лазаря було створено комісію, яка мала оглянути ікону. Коли члени комісії зняли скло, на ньому чітко було видно відбиток контурів фігури й обличчя святого пророка Іллі, найкраще відбилася рука, що тримала сувій. Пророк Ілля ніби закликає нас усіх бути стараннішими у вивченні Священного писання, жити і чинити за його заповітами.